Es realmente complicado datar los orígenes de Hinojos, si bien, se puede deducir por el estudio de la historia de España en general, y de lugares cercanos.

Cuando los romanos entran en Andalucía, tras la batalla de Ilipla, encuentran una tierra aún por formar. En el bajo Guadalquivir, existe una serie de asentamientos formados a expensas del comercio con Fenicia. Así, la tradición local en la mayor parte del Guadalquivir, e Hinojos no es una excepción, trata siempre de vincular sus orígenes al periodo de Tartessos. Ello está por supuesto sin demostrar, pero sí es verdad que, muy próximos a Hinojos, encontramos yacimientos de gran interés como el de Tejada La Vieja, en Escacena del Campo; y el de San Bartolomé, en Almonte. En las obras realizadas hace algunos años para ampliar la carretera, se encontraron algunos restos de cerámicas que corroboran la existencia de anteriores asentamientos.

Algunos historiadores alemanes sitúan muy cerca nuestra la mítica ciudad de Tartessos. Últimamente está tomando cada vez más fuerza la hipótesis de que en nuestras marismas estaba situada “La Atlántida” (National Geographic).

Se piensa que en tiempos romanos, Omnium (Hinojos) por si situación geográfica, entre las ciudades de Gades (Cádiz), Híspalis (Sevilla) y Onuba (Huelva),  era lugar de paso frecuente o un lugar de descanso.

 Según eruditos en materia numismática, han podido contrastar monedas y artilugios, hallados en nuestra zona, y afirman tener indicios fehacientes de haberse topado con asentamientos consolidados romanos en nuestro término.De la época romana aún quedan vestigios que han sido encontrados en edificaciones y obras realizadas en las cercanías del pueblo, especialmente en la Alameda de Alquería y del Aljarafe.

También en nuestro término han sido hallados restos árabes, por la misma inercia natural histórica. Posiblemente sobre un asentamiento establecido en tiempos romanos, existiría otro árabe posteriormente. Varios historiadores coinciden que en este periodo nuestro pueblo se llamó Ocsaginova. De esta época, en las obras realizadas en la carretera entre Pilas (Sevilla) e Hinojos, se encontraron importantes 

restos de lo que fue una alquería almohade datada en los siglos XII y XIII, cuyos restos cerámicos se encuentran en el Museo Provincial de Huelva.

Hinojos perteneció antiguamente al Condado de Niebla y, posteriormente, a Sevilla bajo el reinado de Fernando III el Santo. Durante el reinado de Isabel II,  Hinojos pasa a formar parte de la recién  creada provincia de Huelva.

Hinojos en tiempos de la reconquista como otras poblaciones, quedó despoblada y se repobló con almozárabes y castellanos. Ambos forman la base de la población de la que somos verdaderamente descendientes

Prueba del paso de las distintas civilizaciones por nuestra villa, es la iglesia de El Santiago El Mayor,  que conserva en su arquitectura, detalles romanos, árabes, así como de civilizaciones cristianas posteriores.

Tras la Reconquista, la villa quedó suscrita al Reino de Sevilla. En 1251 a la ciudad de Sevilla, a cuya costa se repuebla el municipio tras varias crisis poblacionales por peste y guerras, le concede Alfonso X, en compensación y como privilegio, la Marisma Gallega, para que allí pasten los ganados de sus vecinos. De esto queda constancia en el Archivo de Simancas fechado en 1253; otros terrenos, como El Lomo del Grullo, donde eran abundantes el jabalí y el ciervo, se los reserva el Rey para sí. Este palacio, conocido como Palacio del Rey o Lomo del Grullo, fue mandado a construir por el Juan II en el siglo XV, es siendo los Reyes Católicos los que le dieron mayor esplendor. A mediados del siglo XIX, el Duque de  Montpensier  adquiere la propiedad, siendo una de sus hijas, la Condesa de París, la que impulsaría la rehabilitación del Palacio.

Es en tiempos de Alfonso X, cuando se menciona a Omnion por primera vez y así está escrito.

Desde Alfonso X en adelante casi todos los reyes nos han visitado. Del paso de los Reyes Católicos nos queda el nombre que el pueblo le dio a la "pasá del rey" que aún perdura.

Hinojos cobra un nuevo protagonismo para la provincia de Huelva en tiempos de Isabel II,  momento en el que se lleva a cabo la división administrativa del país, quedando encuadrado parte de este municipio fuera de ella, lo que causa ciertos conflictos. En efecto, al trazarse el límite provincial entre Huelva y Sevilla por la línea entre Hinojos y Torre de la Higuera, tanto el término de aquél como el de Almonte, quedan repartidos entre ambas provincias, de forma que los núcleos de población y ruedos, se asignan a la primera de ellas, y las marismas y Doñana, a la segunda. Como elementos determinantes para esta decisión debieron de actuar la tradicional vinculación jurisdiccional de la Marisma Gallega y el Lomo del Grullo a la ciudad hispalense. Pero fue el alegato de Huelva en las Cortes de 1822 pidiendo la reconsideración de este límite lo que provocó el que, posteriormente, Javier de Burgos concediera la inclusión de todas las tierras hinojeras y almonteñas en la nueva provincial onubense. En 1962 la Audencia Territorial de Sevilla declaró a favor del municipio la citada Marisma Gallega ya que se pleiteó sobre ella para determinar el carácter de su propiedad, es decir, si era de dominio estatal o municipal.

En el siglo XVIII tras la desamortización de Mendizábal, es cuando se sientan las bases del Hinojos actual.

Ya en el siglo XX como muestra de nuestro carácter afable y no conflictivo, basta decir que no consta ninguna represaría entre hinojeros durante la contienda, como así lo escribe nuestro paisano Víctor M Bocanegra, en su relato, en la revista municipal hinojera Vetalarena.

A lo largo de dicho siglo y en tiempos de la dictadura, y posteriormente en tiempos democráticos, la labor de los alcaldes y de sus corporaciones ha sido primordial en el desarrollo de nuestra Villa.

Nuestros bosques son ricos en caza desde tiempos ancestrales, por lo que las visitas de los monarcas a tal fin y para reposo se hacían frecuentes, no tanto en nuestro pueblo como en su término, Palacio Real (Lomo Grullo).

Con respecto al nombre existen  hipótesis:

Quienes creen la idea romántica que se debe a que el rey Alfonso X se "hincó de Hinojos" ante la imagen de la Virgen en agradecimiento por su victoria en una batalla. Y por otro lado, parece la más razonable que se deba a la planta "hinojo" abundante en la zona.